Según el periódico El País, que cita al subdirector del Museo del Prado, Alfonso Pérez Sánchez, en torno a 350 lienzos pertenecientes a esta pinacoteca se pueden dar definitivamente por perdidos. Son los primeros resultados de una rigurosa investigación promovida por el fiscal del Reino después de que varios diarios madrileños aludieran a estas desapariciones. Estas noticias fueron el punto de partida de la investigación, aún en curso. Los diversos avatares (guerras, incencios) que hubieron de sufrir las obras a lo largo de su historia explican algunos de estos extravíos; también fue crítica la etapa en la que se reestructuraron las colecciones nacionales custodiadas por el Prado y el Museo Reina Sofía. Sin embargo, lo cierto es que el problema principal ha sido el continuo goteo de obras: las obras se fueron dispersando, sobretodo en instituciones de carácter público, religioso y privado. Dice Pérez Sánchez que «Siempre se sabía el lugar a donde iban las piezas, pero las dificultades estaban en comprobar luego si continuaban allí, e incluso hubo algunos casos en que se hicieron cambalaches de cuadros en embajadas sin comunicación oficial al Museo del Prado. Estas permutas, si bien se hacían dentro de su marco administrativo, han hecho incontrolable el estado de numerosos cuadros». Algunas obras sí se han recuperado, y actualmente se encuentran en depósito. Son lienzos que en algunos casos tendrían entidad suficiente para ser mostradas en el Museo y se encuentran en lugares de difícil acceso para el público, entre ellas un óleo de Zurbarán, firmado en 1880, pieza significativa de los últimos años del pintor, cuya autenticidad fue descubierta hace poco; una Anunciación, de Pantoja de la Cruz, que estuvo inicialmente depositada en el Consejo de Estado; un san Lorenzo, de Luis Fernández, obra maestra del siglo XVII, actualmente en el Consejo de Estado; un san Antonio, de Alonso Cano, en San Francisco el Grande; un Lucas Jordán, en la Academia de Jurisprudencia, etc.